降水量多少及其季节变化，直接影响的内陆水域所需水源和水质，从而影响水生生物生长、发育和繁殖。中国东部湿润和半湿润地区年降水量充沛，地表径流丰富，随径流流入江河、湖泊、水库的有机质和无机盐较多，水质肥沃，特别是雨热同季，适宜多种水生生物生长、发育和繁殖；缺点是降水量和雨季开始时间年际变化大，造成逐年水源不稳定。西北干旱和半干旱地区年降水量偏少且相对集中，水体交换量小，水分消耗主要靠蒸发，水质盐碱化普遍，有的盐度过高，因而失去发展水生经济生物的价值。
    降水对鲢、鳙、草、青等家鱼产卵有间接作用：在家鱼繁殖季节，降水能使江河天然产卵场流速适当增大，刺激鱼产卵。
    对海洋生物来说，降水量多少、降水强度和季节变化，往往通过改变海水盐度高低来影响其分布。